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札幌・仙台・広島・熊本・鹿児島など、石垣島への直行便が無い地域から行くときは、那覇で乗り継ぐのが基本です。那覇発の石垣行きは1日14便・所要60〜70分と本数が多く、乗り継ぎ自体は難しくありません。ただ、どの航空会社どうしを組み合わせるかで、必要な乗り継ぎ時間も、荷物を石垣まで通しで預けられるかも変わります。ここではANAが公表している乗り継ぎの決まりと、南ぬ島石垣空港の2026年11月の時刻表をもとに、那覇での乗り継ぎの組み方を整理します。
早見表｜那覇で乗り継ぐときの組み合わせ別の違い
| 那覇までの便 → 石垣行き | 那覇で必要な乗り継ぎ時間（ANAの案内） | 預けた荷物 |
|---|---|---|
| ANA → ANA（AIR DO・IBEX・ソラシドエア・ORCを含む） | 30分以上 | 同じ日の乗り継ぎなら石垣まで通しで預けられる |
| ANA → JALグループ（JTA・RACなど） | 30分以上 | 荷物の預かりのみ通し。搭乗手続きはそれぞれの会社で |
| 上記以外の会社（Peach・スカイマーク・ジェットスターなど）との組み合わせ | 設定なし | 那覇でいったん受け取り、預け直す |
ANA公式「乗り継ぎについて」の国内線どうしの乗り継ぎ時間と、手荷物の扱いから作成。JALグループどうしや、JALグループからANAへの乗り継ぎはJALの公式サイトの案内に従います。
那覇発の石垣行きは1日14便、始発7時15分・最終19時25分
南ぬ島石垣空港の路線別時刻表（2026年11月）では、那覇発の石垣行きは1日14便。JTA601の7時15分発（石垣8時20分着）が始発、ANA1781の19時25分発（石垣20時25分着）が最終です。14便のうち2便は、ANAとの共同運航のソラシドエア便です。
朝から夜まで便が並んでいるので、本土から那覇に着いた時間に合わせて石垣行きを選べます。逆に言えば、ANAどうしの乗り継ぎでも、那覇に18時55分までに着けないと、その日のうちに石垣へは渡れません（最終便19時25分発の30分前）。LCCで那覇まで行く場合は、さらに早い到着が必要です（下の節で説明します）。実際には前の便が遅れることもあるので、もう1本前の便を候補にしておくと安心です。
乗り継ぎ時間は「最低30分」、実際は1時間あると落ち着く
ANAの案内では、那覇でANAどうし（AIR DO・IBEX・ソラシドエア・ORCを含む）を乗り継ぐのに必要な時間は30分以上、ANAとJALグループの乗り継ぎも那覇では30分以上です。これより短い乗り継ぎは、ANAの乗り継ぎ手続きの対象になりません。
30分はあくまで最低ラインです。到着ゲートから出発ゲートまでの移動に時間がかかり、前の便がわずかに遅れただけで間に合わなくなります。那覇発の石垣行きは平均すると1時間に1便ほど出ているので、乗り遅れても次の便に回れる時間帯なら大きな損はありませんが、夕方以降は残りの便が少ないため、1時間以上空けておくと落ち着いて動けます。
荷物を通しで預けられるかは、航空会社の組み合わせで決まる
ANAの国内線どうし、またはAIR DO・IBEX・ソラシドエア・ORCなどの提携会社との乗り継ぎは、乗り継ぎ便の出発日が同じ日なら、乗り継ぎの手続きと手荷物の預かりを最終目的地までまとめて受け付けています。出発空港で石垣まで預けてしまえば、那覇で荷物を受け取る必要はありません。
ANAからJTAやRACなどJALグループへ乗り継ぐ場合は、手荷物の預かりだけを通しで受け付け、搭乗手続きはそれぞれの会社で行います。
貴重品や壊れやすいもの、ペットなどは、乗り継ぎ空港で一度受け取ってから、改めて手続きが必要です（ANAの案内による。上のどの組み合わせでも同じ）。
ANAの便を別々に予約していても、区間ごとにオンラインチェックインを済ませたうえで「旅程追加」をすれば、自動手荷物預け機で荷物を最終目的地まで預けられます（乗り継ぎ時間を満たしていることが条件）。
LCCで那覇まで行くなら、別の旅として組む
Peachやスカイマーク、ジェットスターなど、上の早見表の3行目にあたる会社で那覇まで行き、ANAやJTAで石垣へ向かう組み方もあります。ANAは、ANAの提携会社やJALグループ以外の航空会社とは連帯運送契約がなく、乗り継ぎ時間の設定がないとしていて、乗り継ぎに十分な時間を取り、乗り継ぐ会社の指定時間までに保安検査場を通過できるよう計画するよう案内しています。
つまり那覇では、到着ロビーで荷物を受け取り、出発カウンターで預け直し、保安検査を通り直すことになります。前の便が遅れて石垣行きに乗れなくても、石垣行きの会社が待ってくれるわけではありません。ANAの案内は「十分な時間」とだけ書いていますが、当サイトの目安としては2時間以上の間隔を取るか（最終便なら那覇に17時25分まで）、夕方の到着なら那覇に1泊して翌朝の便で石垣へ渡る方が、乗り遅れの心配をせずに済みます。那覇に泊まる日は、宿を空港から近い那覇市内で押さえておくと、翌朝の始発にも間に合わせやすくなります。
石垣に着いてからの時間も逆算しておく
石垣に夕方以降に着く日は、その日のうちに竹富島や西表島へ渡るのは難しくなります。初日から離島へ渡りたいなら、那覇を午前中の早めに出る便で、昼ごろまでに石垣に着くのが目安です。到着後に空港から市街地や離島ターミナルへ向かう方法は、空港の使い方の記事にまとめています。
まとめ
那覇発の石垣行きは1日14便・所要60〜70分で、始発は7時15分、最終は19時25分です。ANAの案内では、那覇での乗り継ぎに必要な時間はANAどうしもANAとJALグループも30分以上。ANAと提携会社の同じ日の乗り継ぎなら荷物は石垣まで通しで預けられ、JALグループへは荷物の預かりだけが通しになります。Peachやスカイマークなど、それ以外の会社との組み合わせは乗り継ぎ時間の設定がなく、荷物も那覇で預け直しです。この場合は2時間以上空けるか、夕方の到着なら那覇に1泊して翌朝の便で渡ると、乗り遅れの心配がありません。
参考・出典（公式サイト）
※ 情報は変更される場合があります。便数・時刻は2026年11月の時刻表によるもので、季節や日によって変わります。乗り継ぎの条件は各航空会社の公式サイトで最新の情報をご確認ください。（最終確認：2026年10月）