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沖縄本島を回ったあと、那覇から石垣島へ移るなら、行き方は飛行機で決まりです。那覇発の石垣行きは、南ぬ島石垣空港が公表している2026年11月分の時刻表でJTA・ANA・ソラシドエアあわせて1日14便、所要は約60〜70分。朝7時15分から夜19時25分まで並んでいます。この記事は、すでに本島にいる人が那覇空港から石垣へ向かう場面に絞って、便の選び方、空港までの動き、宮古島を挟む組み方、本島観光との日程の作り方をまとめました。
那覇発の石垣行きは、朝7時15分から夜19時25分まで
空港公式の11月分の時刻表で、那覇発の石垣行きを航空会社別に数えると、JTAが7便、ANAが5便、ソラシドエアが2便（ソラシドエアの便はANAとの共同運航）。始発はJTA601の7時15分発・8時20分着、最終はANA1781の19時25分発・20時25分着です。9時30分発から18時10分発までは、次の便まで2時間以上空くことがありません。
この11月分は、10月25日に切り替わる冬のダイヤの表です。10月24日までの夏のダイヤとは、同じ便名でも出発時刻が5〜20分ほど違う便があります。3月末にはまたダイヤが変わるので、旅行する月の表を空港の時刻表ページで見てから予約してください。
早見表｜那覇発・石垣行きの便（2026年11月分）
| 航空会社 | 便数 | 那覇発の時刻 |
|---|---|---|
| JTA | 7便 | 7:15（始発）、9:40、10:35、12:20、14:40、17:30、18:10 |
| ANA | 5便 | 9:30、12:35、14:30、16:05、19:25（最終） |
| ソラシドエア（ANAと共同運航） | 2便 | 11:40、17:15 |
那覇空港では、国内線2階の連絡通路がゆいレールへの入口
那覇空港ターミナルの公式サイトは、国内線エリア2Fの連絡通路から那覇空港駅に行けると案内しています。ゆいレールで来る人は、駅から2階の連絡通路を通って国内線ターミナルへ入る流れです。那覇空港駅までの運賃と所要時間は、ゆいレール公式の大人運賃と標準の所要時間で県庁前から290円・13分、牧志から320円・16分、おもろまちから320円・19分、首里から360円・27分。国際通りに近い県庁前駅や牧志駅からなら、乗っている時間は20分かかりません。
レンタカーで来る場合、返却と空港までの送迎の手順は会社ごとに違います。空港の1階到着ロビーには、レンタカー案内の総合窓口（9時〜19時、098-852-0725）があります。返却にかかる時間は借りた会社の案内で確かめ、そこに保安検査を通るまでの時間を足して、搭乗する便の出発から逆算します。始発の7時15分に乗る日は、前日のうちに返却の受付時間を調べておくこと。
宮古島を挟む｜石垣との間は1日3往復
本島から石垣へ直行せず、途中で宮古島に泊まる組み方もあります。石垣空港の発着路線では、宮古線の航空会社はRACとANA。11月分の時刻表で見ると、宮古発の石垣行きはANA1791が8時50分発9時25分着、RAC831が11時35分発12時05分着、RAC839が17時45分発18時15分着の3便で、所要は30〜35分です。逆の石垣発の宮古行きも、ANA1792が8時30分発、RAC834が14時45分発、RAC838が19時05分発の3便あります。
那覇〜宮古は別の路線で、この記事では時刻を扱っていません。那覇→宮古→石垣と動くなら、宮古に泊まる日と観光する日を先に決め、2区間とも各社の予約画面で別々に押さえます。
宮古発の便は朝・昼・夕に1本ずつ。宮古で一日遊んだ翌日に移るなら、11時35分発で12時05分に石垣へ着き、午後をまるごと使えます。
本島観光と組み合わせる日程の作り方
先に決めるのは、石垣に着く時刻です。竹富島や西表島などの離島に初日から渡りたいなら、午前の便。ANA1765の9時30分発なら10時35分、JTA605の9時40分発なら10時45分に着き、午後から船に乗れます。逆に本島の最後の日を目いっぱい使いたいなら、最終のANA1781（19時25分発）。ただし20時25分着だと、石垣では夕食と宿に入るだけの日になります。
本島で観光してから空港へ向かう日は、遠出の予定を入れすぎないこと。午後の便にしておけば、午前の予定が少し延びても余裕が残ります。1日14便あるので、乗る予定の便が遅れたり欠航したりしても、時間をずらした便に振り替えやすい路線です（悪天候で欠航が重なる日は別）。
石垣側の宿は、空港に近いエリアか、離島ターミナルに近い市街地かで動き方が変わります。到着が遅い日は空港に近い宿、翌朝すぐ離島へ渡る日は市街地側が目安です。エリアごとの所要時間は下の記事で比べています。
まとめ
那覇から石垣へは飛行機で約1時間。2026年11月分の時刻表で1日14便、始発7時15分、最終19時25分です。空港では国内線2階の連絡通路がゆいレールとつながり、レンタカーは返却時間を各社で確かめて出発から逆算します。宮古島を挟むなら、宮古→石垣は1日3便。石垣に昼前に着いて離島へ渡るか、本島を夜まで使い切るかを先に決めれば、乗る便はおのずと絞れます。
参考・出典（公式サイト）
※ 情報は変更される場合があります。運賃・時刻は各社の公式サイトで最新の情報をご確認ください（最終確認：2026年10月）。