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石垣島への直行便が飛んでいるのは、羽田・成田・関西・中部・福岡・那覇の6空港です。伊丹・神戸・札幌・仙台・広島・熊本・鹿児島などからは直行便がなく、関西空港へ回るか、那覇で乗り継ぐことになります。ここでは南ぬ島石垣空港が公表している発着路線と、2026年11月の路線別時刻表（10月25日から切り替わった冬のダイヤ）をもとに、出発地ごとの便数・時刻・所要時間を整理します。
| 出発地 | 石垣行きの便（1日） |
|---|---|
| 東京（羽田） | 4便（JAL・ANA） 石垣着 9:55、11:30、15:00、18:05 所要 約3時間20〜30分 |
| 東京（成田） | 1便（Peach） 石垣着 12:10 所要 約3時間50分 |
| 大阪（関西） | 3便（Peach・JTA） 石垣着 9:55、12:45、18:55 所要 約2時間45〜50分 |
| 名古屋（中部） | 1便（ANA） 石垣着 14:00 所要 約3時間 |
| 福岡 | 1便（Peach） 石垣着 14:30 所要 約2時間25分 |
| 沖縄（那覇） | 14便（JTA・ANA・ソラシドエア） 石垣着 8:20〜20:25 所要 約60〜70分 |
| 伊丹・神戸 | 直行便なし。関西空港を使うか、那覇乗り継ぎ |
| その他の空港 | 札幌・仙台・広島・熊本・鹿児島などは直行便なし。那覇乗り継ぎが基本 |
石垣島へ直行便が飛ぶのは、本土5空港と那覇
南ぬ島石垣空港の「発着路線」ページに載っている国内線は、東京（成田）、東京（羽田）、名古屋（中部）、大阪（関西）、福岡、沖縄（那覇）、宮古、与那国、多良間、波照間の10路線です。このうち本土から直接飛べるのは羽田・成田・中部・関西・福岡の5空港だけです。
航空会社は路線ごとに決まっています。空港公式の一覧では、羽田が日本航空（JAL）と全日本空輸（ANA）、成田と福岡がPeach、中部がANA、関西が日本トランスオーシャン航空（JTA）・アラスカ航空・ANA・Peach、那覇がJTA・琉球エアーコミューター（RAC）・ANA・ソラシドエア。宮古はRACとANA、与那国はRAC、多良間と波照間は第一航空です。
羽田からは1日4便｜朝の2便なら初日に離島へ渡れる
いちばん本数が多いのが羽田線で、2026年11月の時刻表ではJAL2便・ANA2便の1日4往復です。羽田発はJAL971が6時25分発9時55分着、ANA89が8時10分発11時30分着、ANA91が11時40分発15時00分着、JAL973が14時35分発18時05分着。JALの2便は、11月はJTAが運航しています。
石垣発の東京行きは、JAL972が10時40分発、ANA90が12時20分発、ANA92が15時50分発、JAL974が19時20分発。最終便でも羽田22時00分着なので、帰る日も夕方まで島にいられます。
所要時間は行きと帰りで差があります。11月の時刻表では、羽田→石垣が約3時間20〜30分、石垣→羽田が約2時間35〜40分。9月の時刻表では行きが約2時間50分〜3時間だったので、冬の行きは30分ほど長く見ておくと予定が崩れません。
初日に差が出るのは朝の2便です。9時55分着か11時30分着なら、空港から石垣港離島ターミナルへ移動しても昼前後。竹富島や小浜島の日帰りをその日のうちに始められます。15時00分着や18時05分着の便だと、初日は市街地で食事と買い物をして終わりと考えておいたほうが現実的です。
関西・中部・福岡・成田｜1日1〜3便しかない路線
本土の他の4空港は、便数が絞られます。
- 関西：3往復と、本土路線では羽田に次ぐ本数。Peachが関西7時10分発9時55分着と16時10分発18時55分着、JTA83が9時55分発12時45分着です。JTAの便はアラスカ航空との共同運航便で、アラスカ航空5653としても時刻表に載っています。石垣発はPeachが10時45分発と19時40分発、JTA86が19時55分発（関西22時10分着）。伊丹・神戸に近い人も、直行で行くならこの関西線です
- 中部（セントレア）：ANAの1往復のみ。ANA579が中部11時00分発14時00分着、ANA580が石垣14時40分発17時00分着です
- 福岡：Peachの1往復のみ。Peach293が福岡12時05分発14時30分着、294が石垣15時15分発17時20分着。石垣発の所要が約2時間5分と、本土路線のなかでいちばん短いのがこの路線です
- 成田：Peachの1往復のみ。Peach527が成田8時20分発12時10分着、528が石垣13時05分発15時55分着。9月は1日2往復でしたが、10月25日以降は1往復に減っています。行きの所要は約3時間50分と、本土路線で最も長くなります
この4路線は1日1〜3便しかないため、その日の便を逃すと代わりがありません。台風や悪天候で欠航したときも、振り替えられる同じ路線の便が当日中に無いことがあります。欠航したときの動き方は石垣島で台風欠航になったらにまとめています。
直行便が無い地域は、那覇乗り継ぎが基本
那覇発の石垣行きは1日14便・所要60〜70分。石垣島へのアクセスでいちばん太い動脈です。JTA601の7時15分発8時20分着が始発、ANA1781の19時25分発20時25分着が最終。朝から夜まで並んでいるので、乗り継ぎの時間帯を選びやすいのが強みです。JTAとANAに加え、ソラシドエアの便（ANAとの共同運航）も1日2便入っています。
那覇での乗り継ぎが現実的なのは、この本数のおかげです。札幌・仙台・広島・熊本・鹿児島などの出発地から那覇行きを押さえ、那覇で石垣行きに乗り換えれば、直行便の無い都市からでも夕方までに石垣島へ入れます。ただし乗り継ぎ時間の余裕は多めに。前の便が遅れて乗り継げなかった場合、次の石垣行きまで1〜2時間待つこともあります。
八重山のさらに先へ｜宮古・与那国・多良間・波照間
石垣空港は八重山の離島路線の拠点でもあります。宮古線はANAとRACで1日3往復・所要30〜35分で、石垣発が8時30分・14時45分・19時05分、宮古発が8時50分・11時35分・17時45分。与那国線はRACで1日3往復・所要30分で、石垣発が10時05分・12時35分・17時40分、与那国発が9時05分・13時35分・16時40分です。どちらも朝・昼・夕に1便ずつという並びで、日帰りも組めます。
気をつけたいのが第一航空が飛ばす多良間線・波照間線です。この2路線は毎日は飛びません。2026年11月の時刻表では、石垣発の波照間行きが6日ぶん、多良間行きが5日ぶんしか設定されていません。波照間行きは石垣10時00分発10時30分着（1日だけ14時00分発）で、所要は30分。波照間島へは高速船も出ているので、飛行機の運航日に旅程が合わなければ船を検討することになります。
便を選ぶ前に確かめたい3つのこと
1つめは、季節でダイヤが変わることです。空港公式の時刻表では、10月25日を境に時刻と運航会社が切り替わっています。羽田線のJALの2往復（971・973・972・974の4便）はJTAによる運航に変わり、羽田発の時刻も早まりました。成田線は2往復から1往復に、関西線のPeachも発着時刻が動いています。予約の前に、旅行する月の時刻表を見ておくのが確実です。
2つめは、LCCのカウンターが開いている時間。空港公式の航空会社一覧によると、Peachのチェックインカウンターは出発予定時刻の90分前から30分前までです。JAL・JTA・RACのカウンター（1階北側）が7時45分から20時00分まで開いているのとは考え方が違い、早く着きすぎても手続きはできません。第一航空のカウンターはさらに限定的で、月曜・水曜・土曜の8時45分から16時45分までです。
3つめは、国際線という選択肢。発着路線の一覧には香港（香港エクスプレス）、台北・桃園と高雄（タイガーエア台湾）、ソウル・仁川（ジンエアー）の4路線が載っています。2026年11月の時刻表に便があるのは、ソウル（毎日）、台北（火・水・金・土）、高雄（水・日）の3路線です。チェックインカウンターは国際線ターミナルの1階にあり、締切はタイガーエア台湾が出発予定時刻の45分前、ジンエアーが50分前と、国内線より早めに区切られています。
まとめ
石垣島への直行便は、羽田・成田・関西・中部・福岡・那覇の6空港から。伊丹・神戸を含むそれ以外の空港からは、関西空港へ回るか那覇で乗り継ぎます。羽田は1日4往復で行き約3時間20〜30分、那覇は1日14便で約1時間という2本の軸を押さえれば、あとは出発地から那覇へ出るか、5空港のどれかへ出るかという話になります。初日から離島へ渡りたいなら羽田9時55分着か11時30分着の便、帰る日を長く使いたいなら石垣19時20分発の最終便。便数の少ない路線ほど欠航時の代替が効かないので、台風シーズンは1日前後の予備日を持っておくと安心です。
参考・出典（公式サイト）
※ 運航ダイヤ・便名・時刻は変更される場合があります。旅行の計画時は各航空会社と空港の公式サイトで最新の時刻表をご確認ください。（最終確認：2026年10月6日・2026年11月の時刻表）